目前許多新興生物研究領域應用到熒光顯微鏡，如基因原位雜交（FISH）等等。
5.相襯顯微鏡（Phasecontras tmicroscope）
在光學顯微鏡的發(fā)展過程中，相襯鏡檢術的發(fā)明成功，是近代顯微鏡技術中的重要成就。我們知道，人眼只能區(qū)分光波的波長（顏色）和振幅（亮度），對于無色通明的生物標本，當光線通過時，波長和振幅變化不大，在明場觀察時很難觀察到標本。 相襯顯微鏡利用被檢物體的光程之差進行鏡檢，也就是有效地利用光的干涉現(xiàn)象，將人眼不可分辨的相位差變?yōu)榭煞直娴恼穹�差，即使是無色透明的物質也可成為清晰可見。這大大便利了活體細胞的觀察，因此相襯鏡檢法廣泛應用于倒置顯微鏡中。
6.微分干涉對比顯微鏡（DifferentialinterferencecontrastDIC）
微分干涉對比鏡檢術出現(xiàn)于60年代，它不僅能觀察無色透明的物體，而且圖象呈現(xiàn)出浮雕壯的立體感，并具有相襯鏡檢術所不能達到的某些優(yōu)點，觀察效果更為逼真。微分干涉對比鏡檢術是利用特制的渥拉斯頓棱鏡來分解光束。分裂出來的光束的振動方向相互垂直且強度相等，光束分別在距離很近的兩點上通過被檢物體，在相位上略有差別。由于兩光束的裂距極小，而不出現(xiàn)重影現(xiàn)象，使圖象呈現(xiàn)出立體的三維感覺。
7.倒置顯微鏡（Invertedmicroscope）
倒置顯微鏡是為了適應生物學、醫(yī)學等領域中的組織培養(yǎng)、細胞離體培養(yǎng)、浮游生物、環(huán)境保護、食品檢驗等顯微觀察。
由于上述樣品特點的限制，被檢物體均放置在培養(yǎng)皿（或培養(yǎng)瓶）中，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡的工作距離很長，能直接對培養(yǎng)皿中的被檢物體進行顯微觀察和研究。因此，物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過來，故稱為"倒置顯微鏡"。
由于工作距離的限制，倒置顯微鏡物鏡的最大放大率為60X。一般研究用倒置顯微鏡都配置有4X、10X、20X、及40X相差物鏡，因為倒置顯微鏡多用于無色透明的活體觀察。如果用戶有特殊需要，也可以選配其它附件，用來完成微分干涉、熒光及簡易偏光等觀察。 
目見倒置顯微鏡廣泛應用于patch-clamp,transgeneICSI等領域。
8.數(shù)碼顯微鏡
數(shù)碼顯微鏡是以攝像頭（即電視攝像靶或電荷耦合器）作為接收元件的顯微鏡。在顯微鏡的實像面處裝入攝像頭取代人眼作為接收器，通過這種光電器件把光學圖像轉換成電信號的圖像，然后對之進行尺寸檢測、顆粒計數(shù)等工作。這類顯微鏡可以與計算機聯(lián)用，這便于實現(xiàn)檢測和信息處理的自動化，多應用于需要進行大量繁瑣檢測工作的場合。
目前出現(xiàn)一種便攜式數(shù)碼顯微鏡照相機，簡稱數(shù)微相機。它將顯微鏡和數(shù)碼相機相結合，以同時達到顯微鏡觀察（Micro preview）和顯微攝影（Micro photography）的要求。最高物鏡顯微倍率可達150X，機身小巧，便于攜帶，自備光源，可運用于多種場合�？芍苯优c計算機、打印機（不需要電腦）、電視（不需要電腦）聯(lián)用。